Otomatik düşüncelerimizin zeminini oluşturan bilişsel yapının bir alt katmanına ara inançlar ya da şemalar adı verilir. Şema terapi, özellikle erken çocukluk dönemi şemalarına vurgu yaparak bu yönüyle bilişsel terapiden ayrılmaktadır. Bu bütünleştirici yönüyle, bilişsel terapi ve dinamik terapiyi birbirine yakınlaştıran bir terapi tekniği olmuştur. Şema terapi, bilişsel terapiye göre çocukluk yaşantılarına, gelişimsel süreçlere ve duygulanıma daha fazla odaklanmaktadır. Bir kişinin şemaları, o kişinin çocukluk dönemine ait anıları, duyguları ve bilişsel süreçleriyle yakından ilintilidir. Bu dönemde oluşmuş şemalar bir hayat boyu ayrıntılanarak daha da derinleştiğinden, değişmeleri çok da kolay değildir.
Şema terapide amaç, kişinin özellikle erken çocukluk dönemine ait uyumsuz şemalarının sağlıklı şemalarla değiştirilmesine yardım etmektir. İşlevsel olmayan şemalar kişiye ve kişinin ilişkilerine zarar verici niteliktedir ve kişinin sağlıklı ilişkiler kurmasına engel teşkil ederler. İşlevsel olmayan şemalar nedeniyle bir kişi özellikle, bağlanma, güvenme, özerklik gibi önemli konularda sorunlar yaşayabilir. Yıllar içerisinde daha da kökleşen, kalıplaşan bu işlevsiz şemalar, terapi süreci içerisinde tespit edilir, doğruluğu değerlendirilir ve gerekiyorsa daha işlevsel yeni bir şema ile değiştirilmesine yönelik çalışmalarla danışanın işlevsiz şemalarından kurtulması amaçlanır.